Trong mùa đầu tiên của B: The Beginning, hai người đàn ông đã phải đối mặt với quá khứ của chính mình với sự hy sinh lớn lao. Maverick thám tử Keith Flick đã chiến đấu chống lại những con quỷ của mình và cuối cùng đã phơi bày những bí mật đen tối đằng sau Vương quốc Cremona. Koku đột biến cuối cùng đoàn tụ với ký ức quý giá nhất từ thời thơ ấu bị đánh cắp của mình. Đã vài tháng trôi qua kể từ đó, và cả thế giới dường như đã quên đi sự hỗn loạn do những sự kiện đó gây ra. Khi Keith trở lại Cảnh sát Hoàng gia để tiến hành cuộc điều tra của riêng mình, Koku và Yuna cố gắng tận hưởng một cuộc sống bình thường trong hòa bình. Nhưng hậu quả của các thí nghiệm Jaula Blanca còn lâu mới tuyệt chủng, vì Koku sớm phát hiện ra khi người bạn đời được cho là đã chết của mình trong phòng thí nghiệm Kirisame đột nhiên xuất hiện.