Câu chuyện lấy bối cảnh trong năm 2015, khi tương lai của con người đang đứng trước bờ vực diệt vong. Tổ chức an ninh Chaldea đã được thành lập để quan sát thế giới cũng như ngăn chặn sự tuyệt chủng của nhân loại. Nhờ những nổ lực của các nhà nghiên cứu trong Chaldea mà tương lai của nhân loại đã được bảo đảm trong khoảng 100 năm tiếp theo. Tuy nhiên không có dấu hiệu báo trước, Ống Kính Quan Sát Tương Lai Gần, Shiva đã biến mất và tương lai 100 năm được bảo đảm của loài người không được bảo đảm. Nguyên nhân chính được xác nhận là ở Nhật Bản tại thành phố Fuyuki vào năm 2004, nơi đươc xem là “vùng không quan sát được” Chaldea đã phát động Grand Order với tên gọi “Holy Grail Expedition” để điều tra, khám phá và tiêu diệt những địa điểm dị thường có thể gây ra diệt chủng cho nhân loại.