Năm 2027, thành phố New Port vẫn đang hồi phục từ hậu quả của chiến tranh. Một sĩ quan quân đội bị tình nghi liên quan đến việc ăn hối lộ và buôn bán vũ khí bất hợp pháp bị giết. Trong quá trình điều tra, Daisuke Aramaki của Cục An ninh Quốc gia gặp Motoko Kusanagi, một hacker nửa người nửa máy cao cấp thuộc đơn vị bí mật số 501. Batou, người đàn ông với "con mắt không ngủ", nghi ngờ Kusanagi là kẻ đứng sau vụ đánh bom. Thanh tra cảnh sát Togusa đang theo đuổi cùng lúc 2 vụ án một người bị bắn chết và một cô gái điếm bị giết. Motoko thì đang bị theo dõi bởi cả người đứng đầu đơn vị mật 501 Kurutsu và những đặc vụ nửa người nửa máy, không những thế cô còn nghi ngờ mình bị ảo giác khi liên tục nhìn thấy con robot đã tấn công mình ở nhiều nơi, thậm chí ngay trong nhà mình. Những vụ việc này có liên quan gì đến nhau, liệu Makoto có khám phá ra được âm mưu đằng sau không...