Một năm sau khi Negi, thầy giáo 10 tuổi của lớp 3A, rời England đến dạy ở Học Viện Mahora, hai đại diện của Học Viện Ma Thuật bỗng xuất hiện và thông báo rằng Star Crystal bị đánh cắp khỏi Học Viện Ma Thuật. Đó là một ma pháp khí cổ xưa mang bên trong sức mạnh ma thuật vô hạn và mạnh mẽ đến mức cả Thousand Master-pháp sư mạnh nhất của thế giới pháp sư-cũng không điều khiển nổi. Nó đã bị đánh cắp bởi kẻ nào? Và kẻ đó đã làm như thế nào? Đến tận cuối phim,chúng ta cũng không biết được (vui thật). Nhưng có một điều chắc chắn rằng quyền năng của nó đang phủ lên học viện Mahora, và mục tiêu của nó chính là Negi. Cậu liên tục phải đối phó với các đợt tấn công của các tinh linh do Star Crystal tạo ra và tấn công cậu và cả lớp. Không những vậy, Negi còn phải che giấu thân phận là một pháp sư thực tập với các học simh của mình, nếu bị lộ, cậu sẽ bị biến thành động vật. Liệu Negi có chiến thắng Star Crystal không? Liệu cậu có bị lộ không? Liệu cậu có thể trở về England và trở thành một pháp sư thực sự không? Hãy xem phim để có câu trả lời.