Năm U.C 0001, ngay trong thời khắc giao thời giữa kỉ nguyên C.E (Common Era) và kỉ nguyên U.C (Universal Century), một vụ khủng bố đã xảy tại vệ tinh Laplace của thủ tướng và phá hủy hoàn toàn nơi này. Từ đó, câu chuyện về chiếc hộp Laplace có thể hủy diệt toàn bộ chính quyền Liên Bang bắt đầu xuất hiện và chìm dần trong quên lãng. Năm U.C 0096, 3 năm sau sự kiện Char’s Counterattack và 17 năm sau One Year War, chiếc hộp Laplace lại được nhắc tới và cả hai phe Liên Bang và Neo Zeon đều muốn đạt được nó bằng mọi giá cho dù họ cũng không biết thực sự chiếc hộp này là gì. Câu chuyện của chúng ta bắt đầu ở đây.