Anime được chuyển thể từ series tiểu thuyết Mobile Suit Gundam UC của Fukui Harutoshi, lấy bối cảnh vào năm UC (viết tắt của Universal Century) 0096, tức 16 năm sau các sự kiện trong Cuộc Chiến Một Năm diễn ra trong anime Mobile Suit Gundam đầu tiên và ba năm tiếp theo từ khi anime điện ảnh Mobile Suit Gundam: Char’s Counterattack ra mắt. Trong cuộc xung đột mới giữa Liên Bang Trái Đất và nhóm tàn dư Neo Zeon, Vist Foundation nắm trong tay một bí mật khủng khiếp về sự thành lập của Liên bang vào thế kỷ trước – thứ có sức mạnh thay đổi hoàn toàn thế giới hiện tại.