Một học sinh trung học cô đơn được giao công việc bán thời gian suốt đời là một ninja thời hiện đại được giao nhiệm vụ thực hiện các vụ ám sát quốc tế.
Sau Thế chiến thứ hai, Bộ Tư lệnh Đồng minh ở Nhật Bản đã phát triển một cơ quan mới nhằm giúp quản lý chủ nghĩa khủng bố và bạo lực trong khu vực Thái Bình Dương. Cơ quan này có các ninja và ban đầu họ được giao nhiệm vụ giải quyết các công việc nội bộ. Cuối cùng, chương trình đó đã phát triển đến hình thức hiện tại, quản lý 20.000 ninja đảm nhiệm nhiều công việc trong nước và quốc tế. Một trong những ninja đó chính là Kudo. Cậu học sinh trung học mười bảy tuổi thua cuộc giờ đây đã sẵn sàng trở thành tuyến phòng thủ tiếp theo chống lại làn sóng sát thủ nước ngoài tiềm tàng xâm chiếm Tokyo.